Boote des Shogunats sind eher durschnittlicher Qualität, um sie für das große Militär verfügbar zu machen.
Zhan
Die Zhan ist der leichte Scout des Shogunatsmilitärs, für den die Skipjack der Prototyp war. Er ist ebenfalls unter Piraten aus dem Shogunat sehr beliebt.
Aramusha
Die Aramusha ist ein großer Bomber und der Hauptbomber der Shogunatsmarine. Die Aramusha ist strömlinienförmig, aber nicht sehr wendig, sodass sie von der Seite einfach zu erwischen ist.